会议认为，去年8月份以来，全国有数多达50%的基层医疗卫生机构实行了基本药物制度，实施药品零差率销售，在减低群众用药开销的同时，基层医疗卫生机构经常出现了较小收支缺口。因此，会议明确提出部署创建实时实施补偿政策，创建平稳的补偿渠道和补偿方式，确保基层医疗卫生机构稳定运营和发展，调动基层医疗卫生机构和医务人员积极性，保证基本药物制度成功实行。会议确认，政府举行的乡镇卫生院、城市社区卫生服务机构的运营成本将通过政府补助金和服务收费补偿。

基本建设和设备购买开支由政府根据规划足额决定，人员经费由政府决定补助金。2010年政府按照人均不高于15元的标准实施基本公共卫生服务经费，2011年起进一步提高。医疗服务价格按扣减政府补助金后的服务成本制订，医疗服务收费减少部分由医保缴纳。实施政府补助金和调整服务收费后基层医疗卫生机构的经常性收支差额，由政府在年度预算中足额决定。

会议拒绝，基层医疗卫生机构主要获取基本公共卫生服务和基本医疗服务，其医疗科目、床位数量、人员和设备配有等要与功能定位相适应。完备人事分配制度，实施以竞聘上岗、合约管理为主要内容的聘请制度和岗位管理制度。前进基本医保门诊专责和医保收费方式改革。

创建基层医疗卫生机构考核激励机制，坚决多劳多得、优绩优酬，确保基层医务人员合理收入水平不减少。会议还明确提出，要增大对乡村医生的补助金力度，将符合条件的村卫生室的门诊服务划入新农合缺席范围。希望各地在房屋建设、设备购买以及人员培训等方面对村卫生室给与一定扶植。

会议还注目到了非政府举行的基层医疗卫生机构，将通过政府出售服务等方式对其分担的公共卫生服务给与补助金，并将符合条件的机构划入医保定点范围，继续执行与政府办基层医疗卫生机构完全相同的医保缴纳和缺席政策。会议拒绝，各地区、各有关部门要制定明确补偿办法。